Anime ini bercerita tentang kehidupan Kousaka Kyousuke yang sudah bertahun-tahun tidak akur dengan adiknya sendiri, Kousaka Kirino.
..Suatu hari, Kyousuke menemukan DVD anime bertemakan Magical Girl yang berjudul Stardust Witch Meruru. Dan ternyata, didalamnya itu terdapat game eroge dengan judul Love with Imouto (Bercinta dengan adik perempuan). Tentu hal ini sangat mengejutkan Kyousuke.
Karena penasaran, dia pun memutuskan untuk mencari tau siapa pemilik game eroge tersebut. Hingga pada akhirnya, dia menemukan kalo pemiliknya tidak lain dan tidak bukan adalah adiknya sendiri. Lucunya, insiden itu justru membuat hubungan mereka lambat laun makin membaik. Dengan dalih ‘bimbingan konseling’, Kirino pun memaksa Kyosuke untuk ikut terjun kedalam hobi laknatnya tersebut.
wpDiscuz