Dikisahkan pada tahun 2016 di kalender vampir, dunia yang pada awalnya aman tenteram, tiba-tiba terusik oleh wabah yang disebabkan oleh virus tak dikenal. Virus itu menyebabkan kematian pada orang yang terjangkit, namun untungnya faktor-faktor tertentu dapat membuat seseorang terhindar dari virus mematikan itu. Di suatu panti asuhan, hiduplah anak-anak yang sudah ditinggal orang tuanya. Di antaranya ada seorang anak bernama Yuuichirou Hyakuya. Dia sangat terobsesi untuk membunuh vampir, dan tentunya ia sudah membekali diri dengan pengetahuan cara efektif membunuh vampir. Namun Yuuichirou Michaela memberitahu Hyakuya bahwa membunuh vampir tidak semudah itu dikarenakan level kekuatan vampir jauh berbeda dengan manusia biasa. Ingin bebas dari dunia vampir yang mengekangnya, Hyakuya berencana untuk bisa keluar dari dunia yang dikendalikan vampir itu. Bersama Mika yang tahu jalur rahasia, ia bersama anak panti yang lain hampir berhasil mencapai pintu keluar, sampai mereka dihalangi oleh Felid Bathory. Ternyata rencana ini sudah diketahui oleh sang vampir, dan sengaja membiarkan mereka lolos dari penjagaan. Sayang sekali usaha anak-anak panti itu berakhir tragis, hampir semuanya tewas di tangan Bathory. Tinggal Michaela dan Hyakuya yang tersisa, dan nyawa mereka pun sama terancamnya dengan yang lain. Michaela pun berusaha mengulur waktu agar Hyakuya bisa pergi melewati pintu keluar, namun Hyakuya tentunya tidak bisa pergi tanpa Michaela. Hyakuya berhasil keluar dari dunia vampir itu, dan saat itu pula ia bertemu dengan Glen Ichinose, kapten dari Pasukan Iblis Kekaisaran Jepang. Untuk membalas kematian teman-temannya, ia bersedia untuk bergabung dengan pasukan itu agar ia bisa berlatih dan mendapat kekuatan melawan vampir tersebut. Empat tahun kemudian, Hyakuya yang kini tergabung dalam Pasukan Iblis Rembulan, sebuah unit pembunuh vampir, semakin bersemangat untuk menghabisi semua vampir yang ada di dunia agar dunia kembali damai seperti sedia kala.