Setelah menghadiri Akademi Mihama selama sekitar satu tahun, Yuuji Kazami tampaknya telah menemukan tempatnya di dalam sekolah, tetapi dia tiba-tiba memutuskan untuk mengejar promosi di CIRS. Setelah berkonsultasi dengan JB tentang niatnya, mereka berdua memeriksa dokumen Yuuji secara menyeluruh dan membedah peristiwa masa kecilnya untuk menentukan apakah pekerjaan itu cocok untuknya.
Sementara itu, tanpa sepengetahuan keduanya, gadis-gadis Mihama menemukan beberapa dokumen yang robek di kamar Yuuji. Setelah mengembalikan kertas-kertas itu, mereka menemukan cerita yang telah membentuk — atau mungkin menghancurkan — Yuuji menjadi pria seperti sekarang ini. Namun, apa yang dianggap sebagai sejarah telah menghantuinya hingga saat ini, dan rantai masa lalu mulai menyeretnya kembali ke dalam kegelapan …