Di Thailand ada Roanapur, kota yang bobrok dan penuh kejahatan di mana bahkan otoritas atau gereja tidak tersentuh oleh cakar korupsi. Surga bagi terpidana dan berdegenerasi, kota ini terkenal sebagai pusat kegiatan dan operasi ilegal, yang sering dipicu oleh sindikat kejahatan lokal.
Masuklah Rokurou Okajima, seorang pengusaha Jepang rata-rata yang telah menjalani kehidupan yang membosankan dan monoton, ketika akhirnya dia mendapat kesempatan untuk perubahan kecepatan dengan perjalanan pengiriman ke Asia Tenggara. Perjalanan bisnisnya dengan cepat menurun ketika Rokurou ditangkap oleh kelompok tentara bayaran yang beroperasi di Roanapur, yang disebut Black Lagoon. Kelompok ini berencana untuk menggunakan dia sebagai tawar-menawar dalam negosiasi yang akhirnya gagal. Sekarang ditinggalkan dan dikhianati oleh mantan majikannya, Rokurou memutuskan untuk bergabung dengan Black Lagoon. Untuk bertahan hidup, dia harus cepat beradaptasi dengan lingkungan barunya dan mempersiapkan diri untuk pertumpahan darah dan kesusahan yang akan datang.
Sebuah film thriller okttan tanpa henti dan tinggi, Black Lagoon menggali kedalaman moralitas manusia dan kebajikan. Saksi Rokurou berjuang untuk menjaga nilai dan filosofinya tetap utuh saat dia perlahan berubah dari pengusaha menjadi tentara bayaran yang kejam.